В годы войны он придумал комплексные бригады и смог высвободить шесть тысяч пар рабочих рук. Эти люди встали к станкам, чтобы ковать победу в тылу. Егор Агарков приехал в Челябинск в эвакуацию вместе с заводом и связал с Южным Уралом всю оставшуюся жизнь.
Здесь у него появились последователи — агарковцы. Это были новаторы и рационализаторы. А сам он по профсоюзной линии стал продвигать идею ведомственных санаториев и детских лагерей. При нем же появилась знаменитая водная станция на озере Смолино.